Al interior de un fuerte que solía proteger a los campechanos de amenazas extranjeras existe ahora una colección de piezas arqueológicas halladas en las costas, cenotes y cavernas inundadas del Golfo de México y el mar Caribe. También expone armas antiguas y reproducciones a escala de embarcaciones memorables.
El Museo de Arqueología Subacuática Fuerte de San José consta de seis salas en las cuales los visitantes pueden apreciar piezas como un cañón de bronce del siglo XVI, el más antiguo encontrado en el perímetro del hemisferio occidental que fue rescatado de la Sonda de Campeche, o la caña de timón o “del perro galgo”, que es una talla en madera de ébano con esa figura y que se encontró en el río Seco, afluente del río de Palizada a finales del siglo XIX.
El recorrido comienza con una sala de introducción a la arqueología subacuática para después ingresar a una recreación de una cueva prehistórica que incluye réplicas de fauna extinta.
Otras salas resguardan piezas rescatadas de los cenotes yucatecos, como la pieza conocida como jarra chocolatera.
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También hay vitrinas con joyas antiguas, todas ellas elaboradas en oro y hay otro sector que detalla sobre el cambio de la construcción de los barcos con el paso del tiempo.
Antes de diciembre de 2017, el espacio se llamaba Museo de Barcos y Armas Fuerte de San José el Alto, pero con las nutridas colecciones subacuáticas que se han agregado recibió su nuevo nombre.
Destaca que el museo recibió la Declaratoria como Buena Práctica de la Unesco sobre la Protección del Patrimonio Cultural Subacuático.
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